La comisión de Deontología del COMA asesora a la Junta Directiva en aquellos asuntos relacionados con la ética médica y la deontología profesional.
Está compuesta por un mínimo de cinco y un máximo de nueve miembros, designador por el Pleno de la Junta Directiva de entre los médicos colegiados, con más de quince años de antigüedad en la colegiación, para un período máximo de cuatro años, pudiendo ser reelegidos.
Asesorar a la Junta Directiva en todos aquellos asuntos en los que ésta considere oportuno su dictamen. 
Promover acciones encaminadas a la mejora en el ejercicio de la profesión en materias de ética y deontología, por si misma o a requerimiento de la Junta Directiva.